Das Institut für Pathologie und Zytologie wurde in den Jahren 1976/1977 als Hauptabteilung des Klinikums gegründet. Im Jahr 1991 erfolgte die Privatisierung und 1999 die Eröffnung eines weiteren Institutes für Pathologie am Klinikum St. Elisabeth in Straubing.´

Beide Institute sind seit Januar 2004 zertifiziert nach DIN EN ISO 9001-2000.